В данный момент в Portainer не реализована функция автоматического обновления и каждый раз когда выходит новая версия ее нужно обновлять вручную.
При нажатии на уведомление о новой версии вы подаете на GitHub страницу с последней версией, в данный момент последняя версия 2.5.0, но рекомендаций по обновлению никаких нет.
Для обновления Portainer нам потребуется его сперва удалить и потом создать по новой.
Подключаемся к серверу по SSH и получаем список всех запущенных контейнеров выполнив команду :
docker ps
Нам нужно найти контейнер portainer. Теперь нам нужно будет остановить контейнер, удалить удалить контейнер и удалить образ контейнера, для этого выполним следующие команды:
docker stop portainer
docker rm portainer
docker rmi portainer/portainer-ce
После удаления устанавливаем обновленную версию portainer
docker run -d -p 8000:8000 -p 9000:9000 --name=portainer --restart=always -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v portainer_data:/data portainer/portainer-ce
На это обновление portainer завершено.